| MirGeneDB ID | Bko-Mir-31-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bko-Mir-31-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Aga-Mir-31 Agr-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Ava-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cin-Mir-31 Cja-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dgr-Mir-31 Dlo-Mir-31 Dma-Mir-31 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Eba-Mir-31 Ebu-Mir-31 Eca-Mir-31 Efe-Mir-31 Egr-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Gsa-Mir-31 Hme-Mir-31 Hmi-Mir-31 Hru-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Laf-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Llo-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mgi-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmr-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mom-Mir-31 Mun-Mir-31 Neu-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ofu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pab-Mir-31 Pau-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pca-Mir-31 Pdu-Mir-31 Pfl-Mir-31 Pve-Mir-31 Rno-Mir-31 Rph-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Sma-Mir-31 Snu-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sro-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 War-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. koreanus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000011.1: 798985-799044 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUGAACUGAAAAUUAAAUUUGAGCUAUUAGGCAAGAUGCUGGCAUAGCUAAUAGUAAAAUUUUUUAGUUAUGCUUCAUCUCGGCCCAAUUGCUCUAAUGAGCAACUUCGAUAAAGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACUGAACUGAAAAUUAA-- U U A A-| CU UAGUA AUU GAGC AUU GGC AGAUG GGCAUAGCUAA A UAA CUCG UAA CCG UCUAC UCGUAUUGAUU A UAAGAAAUAGCUUCAACGAG U U C GC^ U- UUUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bko-Mir-31-P21_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAAGAUGCUGGCAUAGCUAAU -24
Get sequence
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| Star sequence | Bko-Mir-31-P21_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAGUUAUGCUUCAUCUCGGCCCAA -60
Get sequence
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