| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-193-P1a Cmi-Mir-193-P1b Cmi-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v1 Cfa-Mir-193-P2b Cja-Mir-193-P2b Cli-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Eca-Mir-193-P2b Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Laf-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mgi-Mir-193-P2 Mml-Mir-193-P2b Mmr-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Neu-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pab-Mir-193-P2b Pau-Mir-193-P2 Pbv-Mir-193-P2b Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Rph-Mir-193-P2 Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635919.1: 3046309-3046371 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P1b
KI635919.1: 3043759-3043816 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2b KI635919.1: 3046309-3046371 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGUGUGCUUAAACAACAGCAAGAAAAAUUAGGGUUUUUUGGGACAGCUAUGUUUUAUCUUCACAAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCCUAUUUCUCAUGCAAUGGUCAACACGAAAGCUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGUGUGCUUAAACAACA--| A A UA U A GC UUUUAUC GCA GA AAAU GGGUUUUU GGG CA UAUG U CGU CU UUUA CCUAAAAA CCC GU AUAC U GUUCGAAAGCACAACUGGUAA^ A C UC U C A- UGAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-193-P2b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGGUUUUUUGGGACAGCUAUGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-193-P2b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAUGCCCCUAAAAAUCCCUAU -63
Get sequence
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