| MirGeneDB ID | Dre-Mir-10-P1b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-10b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-10-P1b2-v1 Dre-Mir-10-P1c1-v1 Dre-Mir-10-P1c2-v1 Dre-Mir-10-P1d1-v1 Dre-Mir-10-P2c1 Dre-Mir-10-P2c2 Dre-Mir-10-P2d1 Dre-Mir-10-P2d2 Dre-Mir-10-P3b1 Dre-Mir-10-P3b2 Dre-Mir-10-P3c1 Dre-Mir-10-P3c2 Dre-Mir-10-P3d1 Dre-Mir-10-P3d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aca-Mir-10-P1b-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Ami-Mir-10-P1b-v1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Bta-Mir-10-P1b-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cfa-Mir-10-P1b-v1 Cja-Mir-10-P1b-v1 Cli-Mir-10-P1b-v1 Cmi-Mir-10-P1b-v1 Cpi-Mir-10-P1b-v1 Cpo-Mir-10-P1b-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dno-Mir-10-P1b-v1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Eca-Mir-10-P1b-v1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Ete-Mir-10-P1b-v1 Gga-Mir-10-P1b-v1 Gja-Mir-10-P1b-v1 Gmo-Mir-10-P1b1-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hmi-Mir-10-P1b Hru-Mir-10-P1 Hsa-Mir-10-P1b-v1 Isc-Mir-10-P1-v1 Laf-Mir-10-P1b Lch-Mir-10-P1b Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1b-v1 Mal-Mir-10-P1b1-v1 Mdo-Mir-10-P1b-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mml-Mir-10-P1b-v1 Mmr-Mir-10-P1b-v1 Mmu-Mir-10-P1b-v1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1b-v1 Neu-Mir-10-P1b-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P1b-v1 Ocu-Mir-10-P1b-v1 Ofu-Mir-10-P1 Pab-Mir-10-P1b-v1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1b-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rno-Mir-10-P1b-v1 Rph-Mir-10-P1 Sha-Mir-10-P1b-v1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spt-Mir-10-P1b Spu-Mir-10-P1 Sto-Mir-10-P1b-v1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tgu-Mir-10-P1b-v1 Tni-Mir-10-P1b1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xtr-Mir-10-P1b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr9: 1952963-1953024 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1b1-v1) |
Mir-10-P1b1-v1
chr9: 1952963-1953024 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1b1-v2 chr9: 1952964-1953023 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dre-Mir-10-P1b1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUGGUGAAUAUAUGCCGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAAAAAAUAACAUUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGUCGAUGCAAUAACUUCGAAAAACACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUGGUGAAUAUAUGC--| U A G C GUGAAAAA CGUCG CUAUAUAU CCCU UAGAA CGAAUUUGU \ GUAGC GGUAUAUG GGGG AUCUU GCUUAGACA A CACAAAAAGCUUCAAUAAC^ U A - A CUUACAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dre-Mir-10-P1b1-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAACCGAAUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-10b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dre-Mir-10-P1b1-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0031919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGAUUCGAUUCUAGGGGAGUA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dre-Mir-10-P1b1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGGUGAAUAUAUGCCGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAAAAAAUAACAUUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGUCGAUGCAAUAACUUCGAAAAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUGGUGAAUAUAUGCC--| U A G C UGAAAAA GUCG CUAUAUAU CCCU UAGAA CGAAUUUGUG \ UAGC GGUAUAUG GGGG AUCUU GCUUAGACAC A ACAAAAAGCUUCAAUAACG^ U A - A UUACAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dre-Mir-10-P1b1-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAACCGAAUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-10b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dre-Mir-10-P1b1-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0031919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGAUUCGAUUCUAGGGGAGU -60
Get sequence
|
