| MirGeneDB ID | Eca-Mir-29-P2d7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-29c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-29-P1b-v1 Eca-Mir-29-P1d-v1 Eca-Mir-29-P2b-v1 Eca-Mir-29-P2d8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-29-P2d Agr-Mir-29-P2 Ami-Mir-29-P2d Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2d7 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2d7 Cja-Mir-29-P2d Cli-Mir-29-P2d Cmi-Mir-29-P2d Cpi-Mir-29-P2d Cpo-Mir-29-P2d Cte-Mir-29-P2 Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2d Dpu-Mir-29-P2 Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2d Gga-Mir-29-P2d Gja-Mir-29-P2d Gsp-Mir-29 Hru-Mir-29-P2 Hsa-Mir-29-P2d Laf-Mir-29-P2d Lch-Mir-29-P2d Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2d-v1 Mdo-Mir-29-P2d Mgi-Mir-29-P2 Mml-Mir-29-P2d Mmr-Mir-29-P2d Mmu-Mir-29-P2d Mom-Mir-29-P2 Mun-Mir-29-P2d Neu-Mir-29-P2d Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2d Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2d Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pab-Mir-29-P2d Pau-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2d Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sha-Mir-29-P2d Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spt-Mir-29-P2d Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2d Tgu-Mir-29-P2d War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 Xtr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Ferungulata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009152.1: 27511713-27511770 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2d7) |
Mir-29-P1d-v1
CM009152.1: 27511149-27511213 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1d-v2 CM009152.1: 27511150-27511212 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2d7 CM009152.1: 27511713-27511770 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCACUGGACCCAUCUCUUACACAGGCUGACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGAGUCUGUUUUUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUGAUGUAGGGGGAAAAGCAGCAGCCUCGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACCACUGGACCCAUCU---- -| GGC UCC C GUCUG CUUACA CA UGACCGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGAUGU GU AUUGGCUAAAG ACCACGA UCU U AAGCUCCGACGACGAAAAGGG A^ --- UUU - GUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are Drosha cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Eca-Mir-29-P2d7_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Eca-Mir-29-P2d7_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -58
Get sequence
|
