| MirGeneDB ID | Hru-Mir-184-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-184-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-184 Aca-Mir-184 Aga-Mir-184 Agr-Mir-184 Ami-Mir-184 Asu-Mir-184 Bfl-Mir-184 Bge-Mir-184 Bko-Mir-184 Bla-Mir-184 Bpl-Mir-184 Bta-Mir-184 Cfa-Mir-184 Cin-Mir-184 Cja-Mir-184 Cli-Mir-184 Cmi-Mir-184 Cpi-Mir-184 Cpo-Mir-184 Dan-Mir-184 Dgr-Mir-184 Dlo-Mir-184 Dma-Mir-184 Dme-Mir-184 Dmo-Mir-184 Dno-Mir-184 Dpu-Mir-184 Dsi-Mir-184 Dya-Mir-184 Eba-Mir-184 Eca-Mir-184 Egr-Mir-184 Esc-Mir-184 Ete-Mir-184 Gga-Mir-184 Gja-Mir-184 Gpa-Mir-184 Gsa-Mir-184 Gsp-Mir-184 Hme-Mir-184 Hsa-Mir-184 Isc-Mir-184 Laf-Mir-184 Lan-Mir-184 Lch-Mir-184 Lgi-Mir-184-P5 Lhy-Mir-184 Loc-Mir-184 Mdo-Mir-184 Mml-Mir-184 Mmr-Mir-184 Mmu-Mir-184 Mom-Mir-184 Neu-Mir-184 Npo-Mir-184 Oan-Mir-184 Ocu-Mir-184 Ofu-Mir-184 Pab-Mir-184 Pau-Mir-184 Pbv-Mir-184 Pdu-Mir-184 Pfl-Mir-184 Pma-Mir-184 Pmi-Mir-184 Pve-Mir-184 Rno-Mir-184 Rph-Mir-184 Sha-Mir-184 Sko-Mir-184 Sne-Mir-184 Snu-Mir-184 Spt-Mir-184 Spu-Mir-184 Sto-Mir-184 Tca-Mir-184 Tgu-Mir-184 Tur-Mir-184 War-Mir-184 Xtr-Mir-184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. rufescens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000014.1: 18032507-18032564 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-184-o5) |
Mir-184-o6
JALGQA010000014.1: 18030619-18030676 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-184-o5 JALGQA010000014.1: 18032507-18032564 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGACGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAACAUCUCGCACUACAUGAUCACGUUUCCUUGUCACUGUUUCGUCCCGUGUGUUAAGCGAGACUGGACGGAAAACUGAUAAGGGCACGUGUUGUGUUUAACUUCCUAGGCGGCGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCAACAUCUCGCACUA---| UG U U CUG C GUGUU CA A CACGU UCCUUGUCA UUUCGUCC GU A GU U GUGCA GGGAAUAGU AAGGCAGG CA A UGCGGCGGAUCCUUCAAUUU^ GU - C CAA U GAGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hru-Mir-184-o5_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUGUCACUGUUUCGUCCCGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hru-Mir-184-o5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGACGGAAAACUGAUAAGGGC -58
Get sequence
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