| MirGeneDB ID | Mun-Mir-7-P1f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mun-Mir-7-P1e Mun-Mir-7-P2 Mun-Mir-7-P3 Mun-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cin-Mir-7 Cja-Mir-7-P1 Cli-Mir-7-P1 Cmi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P1 Cpo-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Eca-Mir-7-P1 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Laf-Mir-7-P1 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mdo-Mir-7-P1 Mgi-Mir-7 Mml-Mir-7-P1 Mmr-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Mom-Mir-7 Neu-Mir-7-P1 Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pab-Mir-7-P1 Pau-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Rph-Mir-7 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P1 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. unicolor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594632.1: 739438352-739438416 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7-P1f) |
Mir-7-P1f
LR594632.1: 739438352-739438416 [-]
Mir-7-P1e LR594632.1: 739441942-739442005 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGGCAAUAGAUUCCAGGUUGGCCCCUUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUGUACGUUAAUUCACAUGACAACAAGUCACAGUCUUGUUCCAAAUGUGCACAUGCAAACAACCCGCUAAAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUGGCAAUAGAUUCCAGGU - CCCUUG ---| A U GUACGUU UG GC UGGA AGACU GUGAUUU GUUGUU A AC CG ACCU UCUGA CACUGAA CAACAG A AAAAAUCGCCCAACAAACGU A UGUAA- UGU^ - - UACACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mun-Mir-7-P1f_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mun-Mir-7-P1f_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAACAAGUCACAGUCUUGUUCCA -65
Get sequence
|
