| MirGeneDB ID | Xla-Mir-193-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-193-P1a3 Xla-Mir-193-P1a4 Xla-Mir-193-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v1 Cfa-Mir-193-P2a Cja-Mir-193-P2a Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Eca-Mir-193-P2a Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Laf-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mgi-Mir-193-P2 Mml-Mir-193-P2a Mmr-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Neu-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pab-Mir-193-P2a Pau-Mir-193-P2 Pbv-Mir-193-P2a Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Rph-Mir-193-P2 Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030741.1: 80385641-80385701 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUAUACAGCUGUAUACCGCAGGGAAAAUAAGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUGUUUCACUUACACUACCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAGUGUUCUUCAGAAUCUCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUAUACAGCUGUAUACC--| A AC GA UUUCACU GCAGGGA AAUAAGGG UUUUGGGGGCA UGUG \ CGUUCUU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC U GUCUCUAAGACUUCUUGUGA^ G A- A- CAUCACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Although the 3' terminal U is templated it is assumed that this is post-transcriptionally added similar to other vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-193-P2a4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-193-P2a4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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